此时的第巴桑结正处在各种矛盾交锋的顶端，已是寝食难安。再加上仓洋嘉措的所作所为，更加让他焦头烂额。西藏大地流言四起，人们都对这位太不循规蹈矩的六世达赖议论纷纷。而第巴桑结的政敌们趁机大肆攻击。一直对西藏心怀不轨的准噶尔部首领策妄阿拉布坦上书康熙帝，认为仓洋嘉措实在不像一个达赖喇嘛的样子，没有一点气质与风范。第巴桑结的头号政敌拉藏汗甚至上书说怀疑仓洋嘉措是否真的是五世达赖转世。康熙皇帝无奈，只好从京师选派了精明能干的大喇嘛前往西藏，一探究竟。但终究害怕激发西藏上层僧俗统治集团更深的矛盾，最后也只能是敷衍了事，不了了之……

    怀疑六世达赖真假的拉藏汗不是别人，就是当年力排诸教，独尊黄教的固始汗的曾孙。固始汗死后，他的子孙们一直都进驻在西藏，并且肩负监督藏政的使命，在藏颇有势力，拉藏汗也一心想取得对西藏的统治地位，。因此第巴桑结和他一直不和。第巴桑结十分忌恨拉藏汗，忌恨他有才干，更加忌恨他所率的和硕特蒙古在藏势力得到了清政府的支持。于是他买通了拉藏汗的侍从，三番两次的下毒谋害拉藏汗。拉藏汗两次都是因为及时服下了解药才保住了性命。这样一来，双方的仇恨自然是不共戴天了，斗争也日益趋向了白热化。

    康熙四十四年（公元1705年），拉藏汗起事，第巴桑结措手不及，被杀。对于第巴桑结的残余势力，拉藏汗自然是毫不留情，一一翦除而后快。作为六世达赖的仓央嘉措自然在劫难逃了，他是拉藏汗的第一大目标。但是达赖喇嘛毕竟身份显贵，地位尊荣，在民众中颇有影响力。虽然六世达赖的反常举动早就惹来西藏上下的议论纷纷，但大多数的喇嘛仍相信他是真的达赖喇嘛，仓洋嘉措的怪异行为只是“迷失菩提”。最后拉藏汗借口六世达赖举止放荡，沉溺于声色，不遵佛门教义，宣布仓洋嘉措是假的达赖喇嘛，应予废黜，并将这一情况上报给了康熙皇帝，康熙帝本来就对第巴专政，私立达赖极为不满，于是顺水推舟，卖了个人情给拉藏汗，下令废除仓洋嘉措六世达赖的封号。他亦深知达赖喇嘛在蒙藏地区的地位和影响，担心再由有人拿六世达赖作为政治筹码，尤其是蠢蠢欲动的策妄阿拉布坦。于是下令将仓洋嘉措解送进京。仓洋嘉措成为了历届达赖喇嘛中唯一一位被中央政府正式下令废黜的达赖。

    拉藏汗废除仓洋嘉措的做法很不得人心，虽然西藏的僧俗贵族和普通百姓们都觉得仓洋嘉措行为反常乖戾，不遵教规戒律，但是虔诚而又朴实的人民相信，只有真正的达赖喇嘛的化身才能够合法的继承前一位达赖，所以他们并没有认为仓洋嘉措是假的达赖。当仓洋嘉措被押解出行时，无数的民众为他送行，泪流满面。走到西藏三大寺之一的哲蚌寺时，甘丹寺、色拉寺与哲蚌寺等三大寺的僧众奋力把仓洋嘉措从押解他的蒙古军队中抢出，但又被闻讯赶来的拉藏汗部下围攻，三大寺僧众不敌，仓洋嘉措仍旧被解送北上，行至青海湖附近时，病故，也有人说是在途中被拉藏汗派人暗杀了，还有一种新的说法人为六世达赖解送至内地后，被软禁于五台山，并在五台山圆寂。不管怎样，仓洋嘉措都没有逃过命运无情的摆布。这位才华横溢又浪漫多情的活佛，仅仅在世24年，便沦为了残酷政治斗争的牺牲品。

    仓洋嘉措死后不久，拉藏汗遍拥立了自己选定的一位僧侣为达赖喇嘛。并且邀请五世班禅为他授戒。清政府于康熙四十九年（公元1709）正式册封益西嘉措为六世达赖喇嘛。

    西藏的民众都十分的悲痛仓洋嘉措的被废和早逝。他们对于仓洋嘉措这位个性鲜明、特立独行的活佛短暂又悲剧性的一生无限同情，而他感情真挚、热情奔放的情歌在西藏的广为传唱，更使人们对率性的仓洋嘉措无比怀念。很多人打从心底里不愿意承认拉藏汗所拥立的益西嘉措为达赖喇嘛，认为他才是假的。而政治斗争中的另外几股力量：三大寺僧众、部分西藏上层僧俗和固始汗在青海的子孙们，对于拉藏汗专政十分不满。康熙皇帝知道新的达赖喇嘛难孚众望，难以领导格鲁教，于是照册封达赖喇嘛的旧例，册封班禅世系为班禅额尔德尼，以期另立一位黄教领袖，来安定西藏的局势。但这一举措并没有消除众人对拉藏汗的不满，反而引发了各路人马长达十几年之久的真假达赖之争。

    早逝的仓洋嘉措曾经在他的一首诗歌中写道有朝一日，他要去理塘游历，然后再回来。康熙四十八年（公元1708年），一位小男孩降生在理塘图钦强巴林寺附近。父母为他取名格桑嘉措。小男孩生有异相，聪明过人，能够识别出仓洋嘉措生前用过的物品。于是被三大寺及西藏、青海蒙古上层僧俗认定为仓洋嘉措的转世灵童，不宜再居住在家中，而是把他接到寺庙中养护以来，并请求中央政府确认为达赖喇嘛，开始了“真假达赖”之争。康熙帝考虑到已经册封了拉藏汗所立的幼童为六世达赖，为免双方的冲突升级，没有答应册封之事。但是他很关切小男孩的安全，为避免任何野心家利用他作为政治角逐，令人将格桑嘉措转移到青海的塔尔寺供养起来。

    内部的纷争让垂涎西藏多时的准噶尔部首领策妄阿拉布坦有了可趁之机。康熙五十六年（公元1717年），准噶尔的军队杀进了西藏，拉藏汗被杀害。固始汗及其子孙控制西藏地方政权七十余年的局面宣告结束。拉藏汗所拥立的六世达赖益西嘉措也被准军囚禁了起来。从康熙五十六年准噶尔军队进藏到康熙五十九年（公元1720年）被清军驱逐出境，三年中西藏没有一位按法定程序挑选出来的正式的达赖喇嘛。

    准噶尔的军队在西藏肆意纵行，烧杀抢掠，破坏了许多寺庙，抢走了其中不少的宝物，引起了西藏僧俗的强烈不满与愤慨。康熙皇帝决定“驱准保藏”，以皇十四子胤祯为抚远大将军，至西宁全权指挥军事行动。康熙五十九年，清朝的大军进藏，驱逐了准噶尔的军队，收复了西藏。同年康熙帝下旨敕封格桑嘉措为六世达赖，并由满汉官兵及青海蒙古军队护送供养在塔尔寺的达赖灵童入藏，正式举行坐床典礼。至此，真假达赖之争终于落下了帷幕。

    由于西藏的僧俗群众坚持认为仓洋嘉措是五世达赖喇嘛的转世，是真正的六世达赖，以至后来清朝的官方文书及宗教史等都承认了仓洋嘉措作为六世达赖的地位。所以格桑嘉措实际上是七世达赖喇嘛。

    这场残酷斗争中，无辜的六世达赖仓洋嘉措一生最为遗憾。或许这位聪明又浪漫，风流又多才的年轻人不应生为喇嘛，应该过着如同随园老人袁枚一般优游林下，出游访友，吟诗著文，不拘于礼法的生活。他们都有着自由而空灵的个性，有着世人难及的文采，有着不畏世俗的叛逆大胆，以挑战各种礼教、清规束缚为乐。可惜命运之神没有给仓洋嘉措那样的尘世生活，而是把他推上了险象环生的政治舞台。而仓洋嘉措也用自己那“前无古人，后无来者”式的叛逆对命运的安排提出了震惊黄教、震惊西藏、震惊朝廷的抗议。六世达赖经名为“仓央嘉措”，藏语意思为“音律之海”，其本身就是对他的一生的预言！藏传佛教高僧对其评价为“六世达赖以世间法让俗人看到了出世法中广大的精神世界，他的诗歌和歌曲净化了一代又一代人的心灵。他用最真诚的慈悲让俗人感受到了佛法并不是高不可及，他的特立独行让我们领受到了真正的教益！”

    仓洋嘉措至今都为人们所深深怀念，人们甚至认为他并没有死，传说当仓央嘉措行至青海湖后，于一个风雪夜悄然遁去。后半生周游印度、尼泊尔、康藏、甘、青、蒙古等处，继续宏扬佛法。当然，这更多的只是因为人们心中遗憾仓洋嘉措的不幸一生而用以安慰自己的一个大团圆结局。

    六世达赖充满了传奇和诗意的一生，就这样在历史的长河中惊鸿一瞥，又匆匆消逝。给人们留下的是神秘的猜测和优美流畅的诗歌，以及那最不可测的命运。