20世纪五六十年代，中央领导董必武同志提议，周恩来总理亲自主持，开始筹备清史编纂工作，在成立清史编纂委员会同时，决定在中国人民大学成立清史研究所。1972年，为落实周恩来总理等中央领导同志的指示，经北京市委批准，成立清史研究小组。1978年正式成立清史研究所，长期以来是直属学校的科研实体机构。2000年被评为教育部人文社会科学重点研究基地。2002年与哲学系、中国语言文学系和历史系联合成立人文学院。2005年人文学院撤销，根据学校统一部署，清史研究所与历史系共同组建历史学院。2024年学校将清史研究所列为卓越教研中心，实行相对独立的机构设置与运行管理，同时与苏州市、常熟市和常熟理工学院共建中国清史南方研究院，与黑龙江大学共建中国清史北方研究院。

中国人民大学清史研究所成立以来，始终以清史研究、培养清史专门人才和纂修《清史》为首要任务，先后有罗髫渔、戴逸、罗明、王俊义、李文海、成崇德、黄兴涛、夏明方、朱浒担任所长。现任教育部基地主任杨念群，所长胡恒。

中国人民大学清史研究所四十余年的办学实践中，既有如戴逸、李文海、王思治等一批杰出史学大家，也有一批年富力强、思想活跃的中青年学人。现有在职研究人员31位。

中国人民大学清史研究所始终致力于学术研究与人才培养，坚持守正创新，既重视传统史学领域的研究，也在努力探索史学发展的新路，着力建设生态史、医疗史、数字史学、公共史学等交叉前沿方向。自成立以来，出版过一系列有影响力的研究成果，其中具有代表性的如《戴逸文集》《简明清史》《清代人物传稿》《清通鉴》《清史编年》《十八世纪的中国与世界》《中国荒政书集成》《民国时期社会调查丛编》等大部头或基础研究成果，也有一批富有鲜明个性的史学著述，主办《清史研究》《新史学》两份CSSCI来源刊物和《清史研究国际通讯》，先后获得省部级及其以上奖励五十余项。本所共培养了清史方向350余名博士、520余名硕士，其中有新中国第一位历史学女博士黄爱平、第一位外籍文科博士达素彬、第一位藏族历史学博士罗布、首届全国百篇优秀博士论文获得者夏明方，组织了人民大学复校后第一次学位论文答辩（1981年6月），为中国人民大学中国史学科进入世界一流学科建设行列做出了突出贡献，是中国人民大学学科建设“独树一帜”的重要代表之一。

清史研究所是海内外公认的学术研究重镇，在四十余年的办学实践中，为探索新中国历史学体系及其教育模式发挥了重要作用，戴逸、李文海先后担任三任中国史学会会长；是新中国成立以后最大的文化工程——国家清史纂修工程的倡议推动者、重要组织依托、重要学术支撑，首批国家清史编纂委员会35位委员中，中国人民大学有9位，戴逸先生担任主任。在国家清史进入编修阶段以后，新增补后的国家清史编纂委员会47位委员中，中国人民大学有14位，约占30%，是委员数量最多的单位；在新世纪探索历史学新方法与交叉方向研究的“新史学”实践思潮中，居于先锋地位，创办或主编的《新史学》集刊、新史学青年著作奖、新史学&多元对话系列丛书、新史学讲座系列开史学新风，影响力日渐扩大。

中国人民大学清史研究所将进一步深化科研体制改革，创新学科发展生态，强化有组织科研，完善“独树一帜”学科发展格局，努力建设中国特色世界一流优势学科方向，打造历史学人才中心与创新高地，推进清史自主知识体系建构，建设世界一流研究所。